Türkiye’de bakanlık örgütlenmesinde müsteşarlık modeli bulunmaktaydı. Müsteşar bakanlık faaliyetlerinde bakana yardımcı olmaktaydı. Fakat müsteşarın bakanın en yakın çalışma arkadaşı olmasına rağmen bakan tarafından atanmaması, bir başka bakanın atadığı müsteşar ile çalışılmak zorunda kalınılması gibi nedenlerle müsteşarlık makamı çeşitli eleştirilere maruz kalmıştır. 2011 yılında bakana yardımcı olmak üzere bakan yardımcılığı getirilmiştir. Bir müddet bakan yardımcısı ve müsteşar birlikte çalışmışlardır. 2018 yılında yapılan değişiklikle müsteşarlık ve müsteşar yardımcılığı tamamen kaldırılmıştır. Bakan yardımcısı sayısı birden çok olarak düzenlenmiştir. Bakan yardımcılarının sayısının birden fazla olması bakan yardımcıları arasında bir uyuşmazlık çıktığında sorunun çözümünün bakana bırakılması durumu da çeşitli eleştirilere yol açmıştır. Bakanlık içinde bakan yardımcıları arasında mücadeleler olduğu ifade edilerek bu sorunun çözüme kavuşturulması gerektiği belirtilmektedir. Bu bağlamda bakan baş yardımcılığı makamı tahsis edilerek bakan yardımcılarını bakan baş yardımcılarının astı konumunda olması önerilmektedir. Ayrıca bakan yardımcılarının atanması konusunda da birtakım sorunlar olduğu görülmektedir. Bakan tarafından atanmayan veya atanması için bakan tarafından Cumhurbaşkanına önerilmeyen bakan yardımcıları ile bakan arasında sorunlar olduğu da kamuoyunda iddia edilmektedir. Bakanın kendi yardımcılarının atanması konusunda bir yetkiye sahip olması, bakanlık hiyerarşisi açısından son derece önemlidir. Bu nedenle bakan yardımcılarının atanması konusunda bakana, Cumhurbaşkanına önerme yetkisi verilmesi uygun görülmektedir. Çalışmada bakan yardımcılarının atanması ve örgütlenmesi konusunda yeni bir model önerisinde bulunulmaktadır.